Ao longo dos anos, a Fundação Nunisa construiu parcerias sólidas com instituições nacionais e internacionais, incluindo memorandos de entendimento com a MINGAS, MozYouth Foundation, LBC, NEWLINK, Universidade Eduardo Mondlane, Instituto Agrário de Bilibiza/OCUA, Confederação das Associações Económicas de Moçambique (CTA), entre outras.
